Aki-Sora gira em torno de Aki Aoi e Sora Aoi, um par de irmãos próximos que têm partilhado uma ligação íntima desde a infância. Durante a sua vinda de idade, cada um deles vir a perceber a verdadeira profundidade do amor que sentem um pelo outro e consumar o amor que em segredo. Eles mantêm a sua irmã mais nova, Nami, twin de Sora no escuro sobre seu novo relacionamento. Nami, sem noção do que está acontecendo em sua casa pretende estabelecer seu irmão com sua melhor amiga, Kana Sumiya. Apesar destas relações Nami parece ter sentimentos por alguém próximo
